5 bước cơ bản gồm:
1-Tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra sơ bộ, đăng ký tờ khai, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra;
2-Kiểm tra chi tiết hồ sơ, giá, thuế;
3-Kiểm tra thực tế hàng hóa;
4-Thu lệ phí hải quan, đóng dấu "đã làm thủ tục hải quan" và trả tờ khai cho người khai hải quan;
5-Phúc tập hồ sơ.
Đối với từng lô hàng XNK cụ thể, tùy theo hình thức mức độ kiểm tra do lãnh đạo Chi cục quyết định mà quy trình thủ tục hải quan có thể trải qua đủ cả 5 bước hoặc chỉ trải qua một số bước. Riêng đối với hàng XK của chủ hàng chấp hành tốt pháp luật và mặt hàng được miễn kiểm tra thực tế theo quy định của Luật Hải quan thì thực hiện các bước của quy trình theo chế độ ưu tiên và đơn giản hóa thủ tục hải quan